隨著人類的發展，顯微鏡的種類也越來越多，可觀察的范圍也越來越廣，我們對光學顯微鏡的分類作一個了解。
一、 按使用目鏡數目可分為單目、雙目和三目顯微鏡
單目價格比較便宜，可以作為初學愛好者的選擇，雙目稍貴點，觀察的時候兩眼可以同時觀察，觀察得舒適些，三目又多了一目，它的作用主要是連接數碼相機或電腦用，比較適合長時間工作的人員選用。
 

二、根據其用途以及應用范圍分為生物顯微鏡、金相顯微鏡、體視顯微鏡等
1、生物顯微鏡是zui常見的一種顯微鏡，在很多實驗室中都可以見到，主要是用來觀察生物切片、生物細胞、細菌以及活體組織培養、流質沉淀等的觀察和研究，同時可以觀察其他透明或者半透明物體以及粉末、細小顆粒等物體。生物顯微鏡供醫療衛生單位、高等院校、研究所用于微生物、細胞、細菌、組織培養、懸浮體、沉淀物等的觀察，可連續觀察細胞、細菌等在培養液中繁殖分裂的過程等。在細胞學、寄生蟲學、腫瘤學、免疫學、遺傳工程學、工業微生物學、植物學等領域中應用廣泛。
2、體視顯微鏡又稱為實體顯微鏡、立體顯微鏡，是一種具有正像立體感的目視儀器，廣泛的應用于生物學、醫學、農林等。它具有兩個完整的光路，所以觀察時物體呈現立體感。主要用途有：①作為動物學、植物學、昆蟲學、組織學、考古學等的研究和解剖工具。②做紡織工業中原料及棉毛織物的檢驗。③在電子工業，做晶體等裝配工具。④對各種材料氣孔形狀腐蝕情況等表面現象的檢查。其它透明物質的表面質量，以及精密刻度的質量檢查等。
3、金相顯微鏡主要是用來鑒定和分析金屬內部結構組織，是金屬學研究金相的重要儀器，是工業部門鑒定產品質量的關鍵設備，專門用于觀察金屬和礦物等不透明物體金相組織的顯微鏡。這些不透明物體無法在普通的透射光顯微鏡中觀察，故金相和普通顯微鏡的主要差別在于前者以反射光，而后者以透射光照明。不僅可以鑒別和分析各種金屬、合金材料、非金屬物質的組織結構及集成電路、微顆粒、線材、纖維、表面噴涂等的一些表面狀況，金相顯微鏡還可以廣泛地應用于電子、化工和儀器儀表行業觀察不透明的物質和透明的物質。如金屬、陶瓷、集成電路、電子芯片、印刷電路板、液晶板、薄膜、粉末、碳粉、線材、纖維、鍍涂層以及其它非金屬材在金相顯微鏡中照明光束從物鏡方向射到被觀察物體表面，被物面反射后再返回物鏡成像。所以用金相顯微鏡來檢驗分析金屬內部的組織結構在工業生產中是十分重要的。體視顯微鏡在工業生產中也可以用到，但是它只是用來觀察金屬表面劃傷、劃痕等，放大倍數一般在10X-50X之間，金相的放大倍數一般在50X-800X，有些可以達到2000X。
 

三、按光學原理可分為偏光、相襯和微差干涉對比顯微鏡等
1、偏光顯微鏡是鑒定物質細微結構光學性質的一種顯微鏡。凡具有雙折射性的物質，在偏光顯微鏡下就能分辨的清楚，當然這些物質也可用染色法來進行觀察，但有些則不可能，而必須利用偏光顯微鏡。主要用于研究透明與不透明各向異性材料。一般具有雙折射的物質都可以用這種顯微鏡進行觀察。雙折射性是晶體的基本特征。因此，偏光顯微鏡被廣泛地應用在礦物、化學等領域，如在植物學方面，如鑒別纖維、染色體、紡錘絲、淀粉粒、細胞壁以及細胞質與組織中是否含有晶體等。在植物病理上，病菌的入侵，常引起組織內化學性質的改變，可以偏光顯微術進行鑒別。在人體及動物學方面，常利用偏光顯微術來鑒別骨骷、牙齒、膽固醇、神經纖維、腫瘤細胞、橫紋肌和毛發等。
2、相襯顯微鏡又稱為相差顯微鏡，zui大的特點就是可以觀察未經染色的標本和活細胞。這些樣品在一般的顯微鏡下是觀察不到的，而相差顯微鏡則利用物體不同結構成分之間的折射率和厚度的差別，把通過物體不同部分的光程差變為振幅差，經過帶有環狀光闌的聚光鏡和帶有相位片的相差物鏡來實現觀測，簡單的說它利用的是樣品密度差別產生的反差來進行觀察的，所以即使樣品不染色也可以進行，這大大便利了活體細胞的觀察，因此相襯鏡檢法廣泛應用于倒置顯微鏡中。有相板的物鏡稱“相襯物鏡”，外殼上常有“Ph”字樣。相襯法是一種光學信息處理方法，而且是zui早的信息處理的成果之一，因此在光學的發展史上具有重要意義。
3、微分干涉對比鏡檢術出現于60年代，它不僅能觀察無色透明的物體，而且圖像呈現出浮雕壯的立體感，并具有相襯鏡檢術所不能達到的某些優點，觀察效果更為逼真。
 
四、按光源類型可分為普通光、熒光和激光顯微鏡等
1、普通光顯微鏡采用的就是普通光源，是zui常用的。
2、熒光顯微鏡是以紫外線為光源，通常是照射被檢物體（落射式），使之發出熒光，然后在顯微鏡下觀察物體的形狀及其所在位置。熒光顯微鏡用于研究細胞內物質的吸收、運輸、化學物質的分布及定位等。
3、激光共聚焦掃描顯微鏡，采用激光作為掃描光源，逐點、逐行、逐面快速掃描成像。因為激光束的波長較短，光束很細，所以共焦激光掃描顯微鏡有較高的分辨力，大約是普通光學顯微鏡的3倍。
 
五、按顯微鏡物鏡的位置分為正置和倒置顯微鏡
倒置顯微鏡是為了適應生物學、醫學等領域中的組織培養、細胞離體培養、浮游生物、環境保護、食品檢驗等顯微觀察。
由于上述樣品特點的限制，被檢物體均放置在培養皿（或培養瓶）中，這樣就要求倒置顯微鏡的物鏡和聚光鏡的工作距離很長，能直接對培養皿中的被檢物體進行顯微觀察和研究。因此，物鏡、聚光鏡和光源的位置都顛倒過來，故稱為“倒置顯微鏡”。
倒置顯微鏡多用于無色透明的活體觀察。如果用戶有特殊需要，也可以選配其它附件，用來完成微分干涉、熒光及簡易偏光等觀察。倒置顯微鏡由于制作更加嚴密，價格也是比較貴的。目見倒置顯微鏡廣泛應用于patch-clamp（膜片鉗）,transgene ICSI等領域。
 

六、數碼顯微鏡
數碼顯微鏡又叫視頻顯微鏡，它是將顯微鏡看到的實物圖像通過數模轉換，使其成像在計算機上。
數碼顯微鏡是將精銳的光學顯微鏡技術、先進的光電轉換技術、普通的電視機地結合在一起而開發研制成功的一項高科技產品。從而，我們可以對微觀領域的研究從傳統的普通的雙眼觀察到通過顯示器上再現，從而提高了工作效率。
數碼顯微鏡在觀察物體時能產生正立的三維空間影像。立體感強，成像清晰和寬闊，又具有長工作距離，并是適用范圍非常廣泛的常規顯微鏡。它操作方便、直觀、檢定效率高,適用于電子工業生產線的檢驗、印刷線路板的檢定、印刷電路組件中出現的焊接缺陷（印刷錯位、塌邊等）的檢定、單板PC的檢定、真空熒光顯示屏VFD的檢定等等,它將實物的圖像放大后顯示在計算機的屏幕上，可以將圖片保存，放大，打印。